1632년 잉글랜드 남서부 서머싯에서 태어났다. 1647년에 웨스트민스터 학교에 들어갔으며, 1652년 옥스퍼드 크라이스트처치 칼리지로 진학했다. 1658년 석사 학위를 받은 후 옥스퍼드에서 연구직으로 일했다. 고전 학문 외에 자연과학과 의학에 관심이 많아 로버트 보일, 아이작 뉴턴과 학문적 교류를 나누었다. 1666년 입헌군주제, 시민적 자유, 종교적 관용을 옹호하는 당대의 정치가 애슐리 경의 주치의가 되었으며, 이 일을 계기로 잉글랜드 정치에 관심을 갖게 되었다. 훗날 새프츠베리 백작이 된 애슐리 경이 반역죄로 몰려 네덜란드로 망명하게 되자, 1683년 로크도 네덜란드로 망명했다.

명예혁명으로 제임스 2세가 쫓겨난 후 1689년 잉글랜드로 다시 돌아왔다. 외교관 자리를 제의 받았으나 거절하고 말년에 조용히 저술 활동에 몰두했다. 1704년 《통치론》의 저자임을 밝히는 유언장을 남기고 사망했다. 하이레이버 교구 교회에 묻혔다.